Cá mập xanh trưởng thành ít bị đe dọa ngoại trừ con người và loài cá voi sát thủ. Nhưng con nhỏ thì gặp nhiều những mối nguy hiểm hơn đến từ cả cá mập trắng lớn, cá nhám hổ. Không chỉ những kẻ săn mồi lớn hơn, cá mập xanh còn bị mối đe dọa từ các loài ký sinh trùng như sán dây khiến chúng bị nhiễm bệnh và chết. Nguyên nhân là do chúng ăn phải các loài thức ăn trung gian như cá tuyết chấm đen (Lampris guttatus) hay cá thương mũi dài (Alepisaurus ferox).[10]